Ciao Taxidimu,
quando cloni un template per effettuare delle modifiche e creare così un nuovo template devi modificare il file xml templateDetails.xml, l'hai fatto?
Riguardo a jos_templates_menu mi cogli impreparato, non ho mai dato importanza a questo dettaglio.
Quando realizzo un template mi basta sempre solo modificare l'xml in modo appropiato e poi selezionare il template come predefinito da backend.
Puoi trovare istruzioni sul significato dei tag xml qui:
http://www.joomlashow.it/guide/sviluppo-estensioni/guida-alla-creazione-di-un-template-per-joomla-1.5/